首先，普洱茶能后發酵是因為存活真菌孢子。茶葉經過殺青，其最大的目的是殺死茶葉細胞，讓植物內以氧化酶等主體的酶失活，但真菌類的微生物是還存在的。因而，普洱茶的后發酵開始于曬青毛茶的后發酵。曬青毛茶上附有很多真菌類，最主要的是黑曲霉。曲霉有許多種，對人類最有益的叫黑曲霉。當空氣濕度超過百分之六十到百分之九十之間，溫度超過15度到25度乃至以上，生茶里面的微生物黑曲霉孢子就萌發了，成為菌絲體。微生物靠茶葉作為養料，通過菌絲體繁殖產生了微生物的酶，對茶葉進行后發酵。那么，后發酵會對茶葉的內含物質帶來什么變化呢?
01.多酚類
    多酚類是多種性化合物的總稱，其主體為兒茶素(黃烷醇)占總量的60～80%，與茶的湯色、滋味和香氣都有密切的關系。兒茶素無色，滋味苦澀且有較強的刺激性，在貯存過程中易發生自動氧化。
首先脫氫而成為醌，再進一步聚合而形成褐變物質。如:茶黃素(TF)、茶紅素(TR)、茶褐素(TB)。這些色素的綜合變化，就促成湯色逐漸變深。茶黃素TF能溶于水，滋味較鮮爽、收斂。茶紅素TR能溶于水是茶湯湯色的主體物質，刺激性較弱，呈游離狀態存在，反映滋味的濃強程度。茶褐素TB味道相對要淡，是造成茶湯發暗的因素。
TF、TR、TB三者的轉化以及相互比例與普洱茶的品質有關，在所有茶類中普洱茶要求口感醇厚、回甘、富有粘性。所以，在后發酵過程中使多酚類發生自動氧化所形成的產物，是決定普洱茶品質風格的呈味物質。